Il monastero reale di Santa Isabel  occupa un ampio isolato nelle vicinanze di Atocha. L’edificio riunisce due diverse istituzioni: una scuola femminile, fondata da Filippo II, e un convento di clausura delle monache agostiniane recollette, fondato dalla moglie di Filippo III, Margherita d’Austria-Stiria.

Il progetto della chiesa è di Gómez de Mora e risale alla metà del XVIII secolo.

Dopo il saccheggio delle truppe francesi, le religiose tornarono al monastero solo nel 1816. Con lo scoppio della Guerra Civile, subì un incendio e le opere d'arte furono distrutte; la ricostruzione iniziò nel 1946 grazie alla vendita di alcuni pezzi artistici salvati dalle suore prima del conflitto. Sebbene nel 1936 scomparvero le opere d'arte che si trovavano nel tempio, si conservano ancora quelle della clausura, con importanti sculture e dipinti del XVII e XVIII secolo, tra cui spiccano quelle di Salvador Maella e Vicente Carducho.

Nel 1995 il Monastero di Santa Isabel è stato dichiarato Bene di interesse culturale nella categoria monumenti.