El Real Monasterio de Santa Isabel está situado en un gran conjunto monumental próximo a Atocha. Agrupa dos fundaciones, un colegio religioso (inicialmente sólo para niñas), establecido por Felipe II, y un convento de clausura, de monjas agustinas recoletas (también conocido como Real Monasterio de Agustinas Recoletas de la Visitación de Santa Isabel), fundado por la esposa de Felipe III, doña Margarita de Austria.

El arquitecto Juan Gómez de Mora fue el encargado de acondicionar el edificio para convento y proyectó la iglesia, iniciándose su construcción en 1640 por Jerónimo Lázaro Goiti. En 1732 sufrió una gran remodelación y tras ser saqueado por las tropas francesas y amenazado de destrucción en el siglo XIX, y sufrir un gran incendio durante la Guerra Civil, que destruyó las obras de arte de la iglesia (no así las que se encontraban en clausura, donde hay importantes pinturas y esculturas de los siglos XVI y XVII), el conjunto fue reconstruido entre 1941 y 1946 por Diego Ménde y José Yarnoz Larrosa. En 1964 se proyectó una reforma y reconstrucción parcial.

La iglesia tiene planta de cruz latina de dimensiones reducidas. Está formada por tres espacios perfectamente integrados: la nave única, gran crucero de forma octogonal y la cabecera plana. El crucero se cubre con una amplia cúpula sobre pechinas y grandes machones achaflanados, que en las esquinas albergan nichos con altares.

Saqueado por las tropas francesas, las religiosas no retornaron al monasterio hasta 1816. Con el comienzo de la Guerra Civil, sufrió un incendio y las obras de arte quedaron destruidas, reconstruyéndose en 1946 con la venta de algunas piezas artísticas salvadas por las monjas antes del conflicto. Si bien en 1936 desaparecieron las obras de arte que había en el templo, se conservan las de la clausura, con importantes esculturas y pinturas de los siglos XVII y XVIII, entre las que destacan las de Salvador Maella y Vicente Carducho.

En 1995, el Monasterio de Santa Isabel fue declarado Bien de interés cultural con categoría de monumento. Actualmente, está gestionado por Patrimonio Nacional.