Populairement connu comme « Los Jerónimos », ce couvent fut l’un des plus importants de Madrid. Il existait à l’origine un édifice attenant dénommé Cuarto Real (chambre royale), qui fut ensuite agrandi pour devenir le Palais du Buen Retiro sous Philippe IV d’Espagne. Depuis 1925, l’église est classée Monument National.

Ses origines remontent à l’an 1464, quand le roi Henri IV de Trastamara fonda le Monastère de Santa María del Paso sur les rives du fleuve Manzanares, à proximité du Pardo. La zone étant insalubre, les moines demandèrent aux rois d’être transférés à un endroit plus sain. C’est finalement la reine Isabelle la Catholique qui leur concéda l’emplacement actuel, en 1502, plus près de la Cour, connu depuis comme le Prado de San Jerónimo.

Le monastère joua un rôle emblématique au sein de la Cour en accueillant les cérémonies au cours desquelles les héritiers à la couronne d’Espagne prêtaient serment en tant que princes des Asturies, depuis Philippe II (1528) jusqu’à Isabelle II (1833), ainsi que diverses ordinations épiscopales. Il fut aussi durant des années le siège des Cortes espagnoles.

Seuls subsistent actuellement du couvent l’église et un cloître, à l’arrière du Musée du Prado. L’église de style gothique se dresse sur un plan en forme de croix latine et se compose d’une nef centrale, d’un transept et de cinq chapelles latérales de part et d’autre de la nef. Le monumental escalier extérieur, dans la rue Alarcón, fut construit pour le mariage du roi Alphonse XIII et Victoire-Eugénie, en 1906.

Le cloître pour sa part souffrit une détérioration progressive tout au long du XIX^e siècle et a été récupéré, après un accord avec les autorités ecclésiastiques, pour être incorporé au Musée du Prado comme partie de l’agrandissement conçu par l’architecte Rafael Moneo. De par son aspect extérieur actuel, il reçoit populairement le nom de « Cube de Moneo ».

Les travaux de restauration de l’ensemble du complexe, à l’exception des escaliers, ont été achevés en 2010 par l’architecte Francisco Jurado, qui a récupéré l’apparence antérieure de l’édifice.