Le Monastère royal de Santa Isabel est situé dans un grand pâté de maisons, à proximité d'Atocha. Il possède deux fondations, une école pour filles, créée par Philippe II et un couvent avec une clôture, des moniales Augustines recollets, fondé par l'épouse de Philippe III, la reine Marguerite d'Autriche.

L'architecture de l'église est l'œuvre de Juan Gómez de Mora, au milieu du XVIII^e siècle.

Saccagé par les troupes françaises, les religieuses ne retournèrent pas au monastère avant 1816. Au début de la guerre civile, il fut ravagé par un incendie et les œuvres d’art furent détruites. Il fut rebâti en 1946 grâce à la vente de quelques pièces artistiques sauvées par les religieuses avant le conflit. Bien qu’en 1936 les œuvres d’art qui se trouvaient dans le temple disparurent, celles du cloître furent conservées, avec d’importantes sculptures et peintures des XVIIe et XVIIIe siècles, parmi lesquelles celles de Salvador Maella et de Vicente Carducho.

En 1995, le monastère de Santa Isabel a été classé Bien d’intérêt culturel dans la catégorie de monument.