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修道院由Antonio Sillero建造，而后在1559年至1564年间作为克拉丽莎修道院（monasterio de las Clarisas），由Juan Bautista de Toledo负责修建。这里原来是卡洛斯一世和王后葡萄牙公主伊莎贝拉居住的宫殿，1535年他们的女儿也就是后来修道院的创立人胡安娜就降生于此。胡安娜本人被安葬在这里的一个礼拜堂，其陵墓带有蓬贝友∙莱欧尼雕刻作品。

从建筑上来说，银匠式风格的主墙和华丽的文艺复兴式长梯是它最有趣的原创元素。十八世纪Diego de Villanueva负责完成了内部的整体改建。修道院内保留了银匠式宫殿的结构和许多装饰元素。

在这个修道院里曾经居住过胡安娜，后来她的姐姐、孀居的王后玛利亚，也迁居于此，并在1603年去世。自十七世纪起，在长梯和Milagro礼拜堂里保存了许多壁画。最突出的作品是腓力二世的女儿、荷兰总督伊莎贝拉∙克拉拉∙尤金妮亚公主为这个修道院在布鲁塞尔定制的壁毯，以鲁本斯展示“圣体崇拜”的版样编织而成。

修道院被列额为文化价值资产，并于1987年获得欧洲博物馆的称号。修道院最后一次整修是在2020年和2021年间因疫情而被迫关闭期间进行的，博物馆得以大幅度的翻新，影响到八个展厅，包括50多件物品的修复，新增来自修道院的物品，以及采用LED技术的新照明系统的安装。