Окончательно музей сформировался в 1941 году, хотя коллекции уже давно существовали в Колониальной библиотеке и Археологическом музее Индий. В 1943 архитекторы Луис Мойя и Луис Мартинес Федучи разработали проект здания будущего музея, строительство которого началось в том же году и завершилось только в 1954 году.

В Музей Америки были перенесены археологические и этнографические экспонаты из Национального археологического музея, ранее находившиеся в Музее естественных наук. Также фонды музея пополнялись за счет пожертвований, передачи ценных экспонатов на хранение и новых приобретений. Показанный в музее исторический период охватывает время от доисторических времен Америки до современности. Особенно интересны коллекции предметов археологии доколумбовой эпохи, этнографических предметов и колониального искусства.

Фонды музея включают более 25 тыс. экспонатов. Самые старинные коллекции ранее находились в Королевском кабинете естественной истории, основанном в XVIII веке. Позднее, в 1868 году, эти экспонаты были переданы в только что образованный Национальный археологический музей. С этого момента коллекции начали быстро расширяться за счет пожертвований и собственных приобретений. Во второй половине ХХ века значительно выросла коллекция колониального искусства. Также были приобретены различные этнографические предметы и изделия доколумбовой эпохи.

При посещении экспозиции можно не только полюбоваться уникальными экспонатами, но и оценить мастерство древних и современных жителей Америки, которое отражается в символичности миров, зачастую несущих мощный заряд универсальной взаимосвязи.