Этот красивый храм в неороманском стиле в форме латинского креста расположен напротив Арабской стены, непосредственно под самим Собором Альмудена. Особенного внимания заслуживают его более чем 400 колонн, увенчанных разными капителями, на которых изображены библейские персонажи и элементы природы. Среди них также есть фигурка символа Мадрида – медведицы с земляничным деревом.

Крипта, имеющая одинаковые размеры с собором, считается одной из самых больших в Испании. Крипта состоит из пяти приделов и 20 ниш. В их создании принимали участие такие мастера как Мариано Бенлиуре, который трудился над лепниной, и братья Момежан, авторы прекрасных витражей, освещающих часовни. Убранство самых старинных ниш сочетает в себе византийскую мозаику, рельефы и образы с классическими пропорциями, а также витражи в готическом стиле. Вотивные лампы, свисающие с потолков, вдохновлены кладом из Гварразара, найденным в Толедо в середине XIX века. Её фасад с трёхстворчатой дверью с полуциркульной аркой украшен средневековыми мотивами. На алтаре возвышается образ святой покровительницы Мадрида Девы Марии Альмудена, рядом с которой расположены скульптуры Иисуса Христа и Святого Исидора.

Одним из сокровищ крипты считается образ Девы Марии Нуэстра Сеньора де ла Флор де Лис, возможно, одно из старейших изображений святой покровительницы города.