Часовня Сан Исидро расположена на так называемых «полях Карабанчеля», землях, некогда принадлежавших Хуану де Варгасу, который, в свою очередь, нанял на работу Святого Исидора. Часовня находится рядом с местом, где однажды, по молитвам святого, желавшего утолить жажду своего хозяина, забил источник, которому народная молва приписывает целительные свойства.

В настоящее время мы не обладаем данными о точной дате возведения первой часовни, но впервые она упоминается в церковных гостевых книгах прихода Сан Андрес 1499 года.

В 1528 году императрица Изабелла Португальская, супруга Карла V, в благодарность за выздоровление монарха и его сына Филиппа, будущего короля Филиппа II, которые выпили воды из святого источника, приказала построить здесь новую часовню в честь Святого Исидора.

Позднее, в 1620 году, по указу Кристобаля де Урхеля, рядом с главным алтарём часовни был выстроен новый предел для захоронения его родственников, устроены новое алтарное украшение и ризница и проведены другие работы.

В 1724 году вице-король Новой Испании Бальтасар де Суньига приказал перестроить часовню, поскольку она находилась в полуразвалившемся состоянии. В 1936 году это небольшое строение с гексагональным куполом, покрытым шифером, увенчанное верхним фонарём, пострадало от пожара. В 1940 – 1941 годах силами Священного братства Святого Петра, Святого Андрея и Святого Исидора была произведена реконструкция часовни по образцу 1724 года.

15 мая, в день святого покровителя испанской столицы, Святого Исидора Мадридского, на площадке рядом с часовней при большом стечении народа проводится большая месса под открытым небом. Мадридцы приезжают на ромерию, пьют воду из целительного источника и обедают поблизости. В день поклонения святыне здесь проводятся различные литургические обряды. Этот праздник считается одной из главных и самых популярных традиционных вербен Мадрида.