Este espacio museográfico, situado en la casa en la que vivió el patrón madrileño, propone un viaje por la historia de la ciudad de Madrid desde la Prehistoria hasta el establecimiento de la Corte, a través de distintas salas como la de San Isidro, el Patio Renacentista, el Jardín Arqueobotánico o el Almacén Visitable.

La exposición permanente del museo recorre, a lo largo de más de 600 metros cuadrados, el patrimonio arqueológico y paleontólogico de la ciudad de Madrid, dando a conocer sus más de 500 000 años de historia a través de objetos procedentes de las culturas del paleolítico, neolítico y la Edad de los Metales madrileñas, los vestigios romanos aparecidos en los valles del Manzanares y Jarama, la fundación islámica de la ciudad y el desarrollo de la villa tras su conquista en 1085 hasta el siglo XVI.

El museo divide su exposición, tras ser reformada, en tres ámbitos:  Antes de Madrid, donde se exhiben los restos prehistóricos, romanos y visigodos; Mayrit/Madrid, centrada en la fundación de la ciudad por los musulmanes, su incorporación al reino castellano y la llegada de la corte con Felipe II; y San Isidro, dedicada al santo madrileño y las tradiciones de su época.

NO TE PIERDAS: La Virgen de la Leche, el famoso cuadro de Berruguete, ni los restos de la edificación original: un patio renacentista del siglo XVI, la capilla del XVII y el llamado Pozo del milagro, en el que según la tradición el santo madrileño salvó a su hijo de morir ahogado.