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O Museu Nacional de Ciências Naturais administra e expõe ao público uma importante coleção de espécimes com o objetivo de promover um conhecimento mais completo da diversidade do mundo natural. Este conhecimento é aplicado na conservação do ambiente e é transmitido à comunidade para melhorar a perceção da ciência e da riqueza do património natural espanhol.

Situado no bairro de Salamanca, o Museu Nacional de Ciências Naturais foi criado pelo Rei Carlos III em 1771 como Real Gabinete de História Natural. Ao longo da história mudou várias vezes de nome. Os fundos iniciais do Real Gabinete de História Natural consistiam nas excelentes coleções e na biblioteca, propriedade de Pedro Franco Dávila, comerciante espanhol natural de Guayaquil, que depois os doou à Coroa espanhola.

A coleção continha milhares de peças de minerais, algas, plantas, animais de todas as classes, cálculos e bezoares de origem fisiológica, utensílios e armas de diversas culturas e idades, e objetos artísticos de porcelana, vidro e minerais preciosos de todos os continentes, bronzes antigos, esculturas, medalhas e lápides, quadros de pintores célebres de várias escolas e países, miniaturas, desenhos, aguarelas e esmaltes. Desde então, já propriedade da coroa, os fundos vão aumentando com aquisições e donativos até que, em 1984, são totalmente reorganizados como um museu moderno. A partir desse momento as coleções, de grande valor histórico e científico, ganham o destaque que merecem e o museu abre ao público com exposições permanentes, temporárias e itinerantes.

Atualmente, o Museu Nacional de Ciências Naturais é um dos institutos de investigação científica mais importantes do país no âmbito das ciências naturais. Com vários investigadores em áreas que vão da paleobiologia e da geologia até à ecologia e à mudança climática, passando pela biologia ambiental e a biodiversidade, o museu é um dos centros emblemáticos do Conselho Superior de investigações Científicas (CSIC).

A sua sede atual é o Palácio das Artes e da Indústria, edifício cuja construção se iniciou em 1882, nos Altos do Hipódromo, sob a direção do arquiteto Fernando de la Torriente, auxiliado por Emilio Boix y Merino, quem prosseguiu as obras em 1886, depois da morte do primeiro.