Conhecido popularmente como «Los Jerónimos», foi um dos conventos mais importantes de Madrid. Junto ao mosteiro encontrava-se o chamado Cuarto Real, mais trade ampliado como Palácio del Buen Retiro durante o reinado de Felipe IV. A igreja foi classificada como Monumento Nacional em 1925.

As suas origens remontam-se ao ano 1464, quando o monarca Enrique IV de Trastámara fundou o Mosteiro de Santa María del Paso, nas margens do rio Manzanares, perto de El Pardo. Dada a insalubridade da zona, os frades solicitaram aos reis um traslado para um lugar mais saudável. A rainha Isabel a Católica concedeu-lhes em 1502 a sua atual localização, mais perto da Corte, sendo o mosteiro conhecido desde então como o Prado de San Jerónimo.

Este mosteiro foi um lugar emblemático da Corte, cenário de cerimónias de juramento dos herdeiros da coroa espanhola, como os príncipes de Astúrias, desde Felipe II (1528) a Isabel II (1833), e de várias Cortes Espanholas, além de ordenações episcopais.

Do convento conservam-se atualmente a igreja e um claustro, nas traseiras do Museu do Prado. O templo é de estilo gótico, com planta de cruz latina, e está formado por uma nave central, cruzeiro e cinco capelas de cada lado. A monumental escadaria de acesso da rua Alarcón foi construída para a boda de Alfonso XIII e Victoria Eugenia, em 1906.

O claustro sofreu um progressivo deterioro ao longo do século XIX e, mediante um acordo com as autoridades eclesiásticas, foi recuperado e incorporado ao Museu do Prado como parte da ampliação concebida pelo arquiteto Rafael Moneo. Pelo seu atual aspeto exterior, o claustro é conhecido popularmente como o «Cubo de Moneo».

Em 2010 finalizaram as obras de restauro de todo o conjunto, com exceção da escadaria, a cargo do arquiteto Francisco Jurado, que recuperou o aspeto anterior do edifício.