Situado em frente á Muralha Árabe, debaixo da Catedral de La Almudena, esconde-se este belo templo, de estilo neo-românico, com planta em forma de cruz latina, em que se destacam as suas mais de 400 colunas coroadas por capitéis, todos eles diferentes, que evocam figuras bíblicas e motivos da natureza, bem como as figuras da Ursa e do Medronheiro, símbolo de Madrid.

De dimensões similares às da própria catedral, a cripta é considerada uma das maiores de Espanha. Possui cinco naves e 20 capelas laterais. Na sua construção colaboraram artistas como Benlliure, que é o autor dos relevos, e Maumejean, autor dos magníficos vitrais que iluminam as capelas. A decoração das capelas mais antigas combina mosaicos de tradição bizantina, relevos e imagens de proporções clássicas, com vitrais de estilo gótico. Os candeeiros votivos suspensos do teto estão inspirados no tesouro de Guarrazar, descoberto em Toledo em meados do século XIX. A fachada incorpora referências medievais, com uma porta tripla com arco de meio ponto, e é presidida por um nicho com a imagem da Virgem de La Almudena, padroeira de Madrid, rodeada pelas estátuas do Coração de Jesus e de S. Isidro.

Uma das obras mais interessantes que alberga a catedral é a estátua de Nossa Senhora da Flor de Lis, possívelmente a imagem mais antiga da Virgem que se venera nesta cidade.