Esta facultad, situada en la Ciudad Universitaria, surge en 1974 de la división de la Facultad de Ciencias de la Universidad Complutense, creada en 1857 por la Ley Moyano, que separaba estos estudios de la Facultad de Filosofía, dando lugar a las actuales facultades de Biológicas, Matemáticas, Químicas, Físicas y Geológicas.

La facultad forma parte del Campus de Excelencia Internacional (CEI), encontrándose ubicada en dos edificios de la Ciudad Universitaria de Madrid que se abren al Real Jardín Botánico Alfonso XIII y a los campos de deporte de Paraninfo. El edificio principal es el más alto de la Ciudad Universitaria, compuesto por 13 plantas, edificado en 1971.

Como resultado de la investigación y de la docencia existen varios museos y colecciones en la facultad, como el Museo de Anatomía Comparada de Vertebrados, la Colección de Entomología de la UCME, el Herbario (MACB) y el Museo de Etnobotánica.