Situado en el Cuartel General de la Armada, en pleno Paseo del Arte, este museo gestionado por el Ministerio de Defensa español tiene por misión adquirir, conservar, investigar, comunicar y exhibir para fines educativos y expositivos todo tipo de piezas y colecciones de valor histórico, artístico, científico y técnico relacionados con la historia naval de España, desde la edad media hasta la actualidad.

Sus orígenes se remontan a 1792, gracias a una iniciativa del Secretario de Marina de Carlos IV, don Antonio de Valdés y Fernández Bazán, por la cual se planteó crear un museo de marina que aglutinase todas las ciencias necesarias para la instrucción del Cuerpo de la Armada, materializado en 1842. Tras pasar por varios emplazamientos, en 1932 se inaugura el museo en la sede actual, que también acogió al Ministerio de Marina, ocupando la primera planta del edificio. En 1976, se llevó a cabo la construcción de un edificio anexo para la ampliación del Cuartel General de la Armada, aumentando así la superficie expositiva al doble del espacio original museístico. En 1992, se realizó la penúltima remodelación del centro y, tras el cierre de dos años, en 2020 finaliza la última reforma que ha dotado al museo de unas modernas instalaciones en las que se ha mejorado la accesibilidad y la distribución de los espacios expositivos.

Los fondos del museo, dispuestos cronológicamente en sus salas, incluyen más de 12 000 piezas caracterizadas por su riqueza y heterogeneidad. Entre ellas destacan las colecciones de modelos de buques y de cartografía, de las mejores del mundo, así como las de instrumentos astronómicos, científicos y de navegación, artes plásticas y decorativas, armas y banderas, uniformes y condecoraciones, pertrechos marineros, piezas de etnografía y objetos personales de marinos ilustres. Cabe mencionar entre estos objetos el mapa de pergamino bellamente ilustrado de Juan de la Cosa, la primera representación cartográfica conocida del continente americano. El navegante y cartógrafo lo realizó en 1500 tras haber viajado a América en tres ocasiones acompañado de Cristóbal Colón.

Las colecciones expuestas son fruto de aportaciones realizadas por diversas instituciones y organismos, como la Casa Real, la antigua Secretaría de Marina, las extintas Compañías de Guardias Marinas, los departamentos navales peninsulares y los apostaderos de Cuba y Filipinas, el Depósito Hidrográfico, el Real Observatorio de la Marina de San Fernando y el Instituto Hidrográfico de Cádiz, además de compras posteriores y donaciones particulares o de distintas entidades.