Conosciuto popolarmente come «Los Jerónimos», era uno dei conventi più importanti di Madrid. Accanto ad esso si trovava il cosiddetto Cuarto Real, successivamente ampliato come Palacio del Buen Retiro ai tempi di Filippo IV. Dal 1925 la chiesa è considerata un Monumento Nazionale.

Le sue origini risalgono al 1464, quando il re Enrico IV di Trastámara fondò il Monastero di Santa María del Paso sulle rive del fiume Manzanares, nei pressi di El Pardo. A causa delle condizioni insalubri della zona, i monaci chiesero ai re di trasferirsi in un luogo più sano. Nel 1502 la regina Isabella la Cattolica concesse loro l'attuale ubicazione, più vicina alla Corte, conosciuta da allora come Prado de San Jerónimo.

Il Monastero fu un luogo emblematico della Corte, teatro delle cerimonie di giuramento degli eredi della corona spagnola come principi delle Asturie, da Filippo II (1528) a Isabella II (1833), oltre che di diverse corti spagnole e ordinazioni episcopali.

Del convento rimangono attualmente la chiesa e un chiostro dietro il Museo del Prado. La chiesa è in stile gotico, si sviluppa su una pianta a croce latina ed è composta da una navata centrale, dal transetto e da cinque cappelle per lato. La monumentale scala d'accesso da Calle Alarcón fu costruita nel 1906 per il matrimonio di Alfonso XIII e Victoria Eugenia.

Invece, il chiostro ha subito un progressivo degrado per tutto il XIX secolo e, dopo un accordo con le autorità ecclesiastiche, è stato recuperato e integrato nel Museo del Prado nell'ambito dell'ampliamento progettato dall'architetto Rafael Moneo. Per il suo aspetto esteriore attuale, il chiostro è popolarmente conosciuto come il «Cubo de Moneo».

Nel 2010 sono stati completati i lavori di restauro dell'intero complesso, ad eccezione delle scale, ad opera dell'architetto Francisco Jurado, che ha recuperato l'immagine precedente dell'edificio.