Il Museo Nacional de Ciencias Naturales gestisce ed espone al pubblico un'importante collezione, con l'obiettivo di promuovere una più completa conoscenza della diversità del mondo naturale fra la gente. Questa conoscenza serve per la conservazione dell'ambiente e deve essere trasmessa alla comunità per migliorare la percezione della scienza e della ricchezza del patrimonio naturale.

Situato nel quartiere di Salamanca, il Museo Nacional de Ciencias Naturales fu creato dal re Carlos III, nel 1771, come Real Gabinete de Historia Natural. Nel corso degli anni ha cambiato di nome varie volte. I primi fondi del Real Gabinete de Historia Natural furono costituiti dalle straordinarie collezioni e dalla biblioteca di Pedro Franco Dávila - commerciante spagnolo originario di Guayaquil - che li cedette alla Corona spagnola.

La collezione conteneva migliaia di pezzi di minerali, alghe, piante, animali di ogni tipo, calcoli e pietre bezoarie di origine fisiologica, utensili e armi di diverse età e culture. Enumerava poi oggetti artistici di porcellana, cristallo e minerali preziosi provenienti da tutti i continenti; bronzi antichi, sculture, medaglie e lapidi; quadri di pittori celebri di scuole e paesi diversi, miniature, disegni, acquarelli e smalti. Da allora - già proprietà della corona - i fondi andarono aumentando grazie ad acquisti e donazioni e, nel 1984, furono definitivamente riorganizzati in un museo moderno. Da quel momento le collezioni di gran valore storico e scientifico, acquistarono prestigio e il museo si fece conoscere al grande pubblico per mezzo di esposizioni permanenti, temporanee e persino itineranti.

Oggi il Museo Nacional de Ciencias Naturales è uno degli istituti di ricerca scientifica più importanti della Spagna nel campo delle scienze naturali. Con diversi ricercatori in aree che vanno dalla paleobiologia e la geologia all'ecologia e al cambiamento climatico, passando dalla biologia ambientale e dalla biodiversità, il Museo è uno dei centri di maggior prestigio del Consiglio Superiore delle Ricerche Scientifiche spagnolo (Consejo Superior de Investigaciones Científicas - CSIC).

La sua sede attuale è il Palacio de las Artes y la Industria. La costruzione dell’edificio iniziò nel 1882, presso gli Altos del Hipódromo, sotto la direzione dell'architetto Fernando de la Torriente, assistito da Emilio Boix y Merino, che proseguì i lavori dopo la morte del primo nel 1886.