Il museo si propone di offrire al pubblico in visita una visione globale della cultura dei diversi popoli del mondo, nonché di stabilire le somiglianze e le differenze culturali che li uniscono o li separano al fine di evidenziare la diversità culturale.

Il 29 aprile 1875 il re Alfonso XII inaugurò il "Museo Anatomico", anche se popolarmente conosciuto come Museo Antropologico. La sua fondazione si deve all'iniziativa personale del medico segoviano Pedro González Velasco, che investì tutti i suoi risparmi nella costruzione dell'edificio, il cui architetto era il marchese di Cubas. All'epoca le collezioni erano costituite da oggetti appartenenti ai tre "regni" della natura - minerale, vegetale e animale -, campioni di antropologia fisica e teratologia, nonché oggetti di antiquariato e oggetti etnografici, per cui poteva essere considerato un tipico "gabinetto delle curiosità". Alla sua morte lo Stato acquistò l'edificio e tutte le sue collezioni, che nel tempo si sono arricchite di campioni della cultura materiale di diversi popoli provenienti da Africa, America, Asia, Europa e Oceania.

Nel 2004 il Museo Nacional de Antropología ha iniziato la ristrutturazione dell'esposizione permanente, prima nella sala dell'Africa, e nel 2005 nelle sale dell'America e di Antropologia Fisica. L'attuale riorganizzazione risponde a un nuovo concetto espositivo, più in linea con gli attuali criteri scientifici, sia museologici che antropologici, concentrandosi sulla tematica e raggruppando le collezioni in aree come l'abbigliamento e le decorazioni, la musica e le attività ricreative, le credenze, le abitazioni e gli oggetti domestici, preceduti da un'introduzione e da brevi note geografiche e storiche. L'ultima fase della ristrutturazione è stata completata a ottobre 2008, quando la nuova sala dell’Asia (Filippine e religioni orientali) è stata aperta al piano terra dell'edificio. 

Il museo è suddiviso in tre piani, sui quali sono distribuite le cinque sale espositive:

• - Sala de los Orígenes del Museo: situata al piano terra, è dedicata alle origini del Museo. Vi vengono ricreati i gabinetti di storia naturale fino all'inizio del XX secolo, in omaggio al fondatore del Museo, il dottor Pedro González Velasco. Sarà sottoposta a una profonda ristrutturazione museografica.

• - Sala de Filipinas: si trova al piano terra. La complessità etnica, storica e culturale di questo immenso arcipelago tropicale è testimoniata dai numerosi e variegati oggetti appartenenti a un gruppo eterogeneo di comunità che, per la maggior parte, provengono dall'Esposizione Generale delle Isole Filippine tenutasi nel Parco del Retiro di Madrid nel 1887.

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• - Sala de las Religiones Orientales: dedicata alle religioni orientali, costituisce una sintesi delle collezioni asiatiche del Museo. La mancanza di spazio ha reso impossibile la presentazione di tutti gli aspetti delle diverse e ricche culture di questo immenso continente, per cui si è deciso di concentrarsi sulle tre fedi principali: Islam, Buddismo e Induismo.

• - Sala de África: si trova al primo piano. Qui è possibile scoprire la diversità di un continente di cui stiamo appena iniziando a conoscere la ricchezza culturale. È suddivisa in quattro aree tematiche: vita domestica, abbigliamento, tempo libero e religione.

• - Sala de América: situata al secondo piano, questa sala è dedicata alle culture dell'America o dell’Abya Yala, il nome dato al continente dal popolo Guna, che molti preferiscono usare al posto di America, in quanto toponimo di origine europea. Le collezioni sono suddivise in cinque sezioni tematiche: stile di vita, vita domestica, abbigliamento, tempo libero e religione.

RIMARRETE SORPRESI

La sala III, dedicata all'antropologia fisica, cerca di ricreare quelli che erano gli armadi di storia naturale fino ai primi del XX secolo, mostrando alcuni degli esemplari più rilevanti di queste collezioni, e ciascuno di essi rappresenta le proprie caratteristiche, le varietà anatomiche all'interno della normalità, le patologie, i traumi, le differenze etniche, ecc. Possiamo citare il cranio deformato femminile di Tiahuanaco (Bolivia). Il cranio femminile dell'isola di Samar (Filippine) presenta lesioni ossee tipiche della sifilide venerea, o la maschera mortuaria di un Maori tatuato.