Situato di fronte alle mura di cinta arabe (Muralla Árabe), proprio sotto la stessa Cattedrale dell'Almudena, si nasconde questo bellissimo tempio costruito in stile neoromanico, con pianta a croce latina, in cui spiccano più di 400 colonne coronate da capitelli, tutti diversi, che si ispirano a figure bibliche e motivi della natura, come la Osa e il Madroño, simbolo della città di Madrid.

Di dimensioni pari a quelle della cattedrale, la cripta è considerata una delle più grandi in Spagna. Ha cinque navate e 20 cappelle su ogni lato. Vi hanno lavorato artisti come Benlliure, ai rilievi, e Maumejean, con le sue magnifiche vetrate che illuminano le cappelle. La decorazione delle cappelle più antiche è un misto di mosaici bizantini, rilievi e immagini di proporzioni classiche, oltre a vetrate in stile gotico. Le lampade votive che pendono dal soffitto sono ispirate al tesoro di Guarrazar, rinvenuto a Toledo a metà del XIX secolo. La facciata presenta riferimenti medievali, con una tripla porta ad arco semicircolare. È presieduta da un'immagine dell'Almudena, patrona di Madrid, accanto al Cuore di Gesù e a San Isidro, riparati da un’absidiola.

Una delle “perle” che custodisce è l'immagine di Nuestra Señora de la Flor de Lis, probabilmente la più antica immagine della Vergine che viene venerata in città.