La Real Academia de la Historia comenzó como reunión literaria de amigos en el año 1735. Los contertulios se dirigieron a Felipe V para que autorizara sus reuniones y el monarca les concedió su protección. Con ello la tertulia, especializada en la investigación del pasado, quedó convertida en Real Academia de la Historia.

La autorización la dio Felipe V por Real Cédula de 17 de junio de 1738. Desde entonces, la Academia gozó de la real protección como las demás corporaciones análogas, creadas, todas ellas, a partir de la acción ilustrada que, en el siglo XVIII, culminó en la fundación de las tres más antiguas: la Española, de la Historia y de Bellas Artes de San Fernando.

La Real Academia de la Historia ocupó la antigua biblioteca del Palacio Real y la Casa de la Panadería antes de trasladarse, en 1837, a su ubicación actual en el edificio desamortizado del Nuevo Rezado, aunque no fue hasta el 22 de junio de 1874 cuando la sede se quedó de manera definitiva, tras realizarse diversos trabajos de adaptación.

La Casa del Nuevo Rezado era despacho de libros de rezo de la comunidad jerónima de El Escorial. El edificio fue construido por Juan de Villanueva en 1788. El palacio carece de ornamentación pero sí goza de grandes proporciones y de una gran riqueza en cuanto a los materiales usados. 

El edificio es un inmenso cubo de fábrica con un piso bajo principal y un segundo muy matizado, lo que destaca más sus proporciones. En su fachada principal se puede observar un escudo donde aparece la parrilla de San Lorenzo, signo de su vinculación al Monasterio de El Escorial. En el interior del edificio no hay vigas de madera sino bóvedas de ladrillo, dado que al ser un depósito de libros, el peligro de incendio con la madera podía ser mayor.

Con el tiempo, la Academia anexionó a este edificio el Palacio del Marqués de Molins y una pequeña casa de la calle de las Huertas, hasta completar toda la manzana.

La Academia posee una espléndida Biblioteca-Archivo con códices, manuscritos e incunables de inestimable valor científico, bibliográfico y documental. Es consultada por investigadores españoles y extranjeros.