Fundado en 1683 por don Juan Tomás Enríquez de Cabrera, Almirante de Castilla, duque de Medina de Rioseco y miembro del Consejo de Estado de Carlos II, este convento, originalmente de religiosas franciscanas descalzas de San Pedro de Alcántara, fue dedicado a nuestra Señora de la Concepción y a San Pascual, aunque se le conoce como San Pascual Bailón.

En 1836, durante la desamortización de Mendizábal, el convento fue suprimido y convertido en un almacén de maderas, con lo que las religiosas tuvieron que trasladarse a las Descalzas Reales hasta que en 1852, el entonces duque de Medina de Rioseco, Mariano Téllez Girón Beaufort, quien también era duque de Osuna, reclamó la posesión del convento por derecho de reversión, con lo que las religiosas volvieron a trasladarse a su antiguo edificio.

Nada queda del edificio original, ya que en 1861, y debido a las obras de ampliación del Paseo de Recoletos, parte del terreno del convento fue expropiado por el Ayuntamiento, lo que provocó su demolición. A partir de 1866, y según un proyecto del arquitecto Juan J. Urquijo, se construyó el edificio actual, que poco después volvieron a habitar las religiosas.

En 2011, la Dirección General de Patrimonio Histórico de la Comunidad de Madrid incoó expediente para la inclusión del monasterio e iglesia de la Inmaculada y San Pascual de Madrid en el Inventario de Bienes Culturales de la Comunidad de Madrid