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Le musée national des Sciences naturelles gère et expose au public une importante collection de spécimens, afin de promouvoir une connaissance plus profonde de la diversité du monde naturel. Ce savoir s'applique à la conservation de l'environnement et il est transmis à tous, afin d'améliorer la perception de la science et de la richesse de notre patrimoine naturel.

Situé dans le quartier de Salamanca, le musée national des Sciences naturelle fut créé par le roi Charles III en tant que Cabinet royal d'Histoire naturelle. Tout au long de son histoire, il a changé plusieurs fois de nom. Le fonds initial du Cabinet royal d'Histoire naturelle comprenait d'exceptionnelles collections ainsi que la bibliothèque, appartenant à Pedro Franco Dávila, commerçant espagnol originaire de Guayaquil, qui les a cédées à la couronne espagnole.

La collection contenait des milliers de minéraux, d'algues, de plantes, d'animaux de toutes sortes, de calculs et pierres bézoards d'origine physiologique, d'ustensiles et d'armes de différentes cultures et époques ; des objets d'art en porcelaine, des cristaux et des minéraux précieux de tous les continents ; des bronzes anciens, des sculptures, des médailles et des stèles ; des tableaux de peintres célèbres de plusieurs écoles et pays, des miniatures, des dessins, des aquarelles et des émails. Depuis cette période, alors qu'ils appartenaient déjà à la couronne, les fonds ont grandi avec des achats et des dons jusqu'à ce qu'en 1984 ils soient restructurés totalement dans un musée moderne. Les collections ont alors été mises en valeur et le musée se fait connaître du grand public par l'intermédiaire d'expositions permanentes, temporaires et itinérantes ainsi que de nombreuses activités annexes pour petits et grands.

Le musée national des sciences naturelles est actuellement l’un des instituts de recherche scientifique les plus importants du pays en matière de sciences naturelles. Avec plusieurs chercheurs dans des domaines allant de la paléobiologie et la géologie à l’écologie et au dérèglement climatique, en passant par la biologie environnementale et la biodiversité, le musée est l’un des centres emblématiques du Conseil Supérieur de Recherches Scientifiques (CSRS).

Son siège actuel se situe au sein du Palais des Arts et de l’Industrie. La construction de l’édifice a débuté en 1882, sur l’espace « Altos del Hipódromo », sous la direction de l’architecte Fernando de la Torriente, assisté d’Emilio Boix y Merino, qui a poursuivi les travaux au décès du premier, en 1886.