Das Museum wurde im April 1941 eröffnet. Man hatte diese Idee schon sehr lange unter verschiedenen Namen verfolgt: Museo Biblioteca de Ultramar, Museo Arqueológico de Indias… 1943 wurde das Projekt für den gegenwärtigen Museumsstandort den Architekten Luis Moya und Luis Martínez Feduchi aufgetragen. Die Baumaßnahmen begannen noch im gleichen Jahr und wurden 1954 abgeschlossen.

Die im Amerikamuseum ausgestellten Fundi bestehen aus Sammlungen amerikanischer Archäologie und Ethnographie des ehemaligen Museo Arqueológico Nacional, die zuvor dem Naturkundemuseum gehörten. Außerdem wurden sie durch private Schenkungen, Treuhandschaften und Ankauf neuer Objekte ergänzt. Thematisch behandelt es einen umfangreichen Zeitabschnitt von der amerikanischen Prähistorie bis in die Neuzeit, wobei die präkolumbische Archäologie, die Ethnographie und die Kolonialkunst im Mittelpunkt stehen.

Die Sammlung umfasst über 25.000 Objekte. Die ältesten Sammlungen gehörten dem Real Gabinete de Historia Natural, das Mitte des 18. Jahrhunderts gegründet worden war. Im Jahre 1868 gingen sie in den Besitz des gerade gegründeten Museo Arqueológico Nacional über. Seitdem wurden die amerikanischen Sammlungen durch Ankäufe und Schenkungen stetig erweitert. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts nahmen die Kolonialkunstsammlungen deutlich zu. Gleichzeitig wurden aber auch neue präkolumbische und ethnographische Objekte hinzugekauft.

Heute kann man hier nicht nur einzigartige Stücke bewundern, sondern auch die Fähigkeit des amerikanischen Menschen, verschiedene Lebensstrategien zu entwickeln – was sich in den verschiedenen symbolischen sich immer wieder vermischenden Universen widerspiegelt.