Direkt unterhalb der Almudena-Kathedrale liegt vor der maurischen Stadtmauer dieses wunderschöne, im neoromanischen Stil erbaute Gotteshaus mit dem Grundriss eines lateinischen Kreuzes. Bemerkenswert sind seine über 400 Säulen, deren Kapitelle alle unterschiedlich sind und biblische Figuren, Naturmotive und das Symbol Madrids – Bärin und Erdbeerbaum - darstellen.

Die Krypta ist ebenso groß wie die Kathedrale und gilt als eine der größten Spaniens. Sie besteht aus fünf Schiffen und 20 Seitenkapellen, gestaltet von Künstlern wie Benlliure in Form herrlicher Reliefs und Maumejean, dessen prächtige Glasfenster die Kapellen erhellen. Die Dekoration der ältesten Kapellen ist eine Mischung aus byzantinischen Mosaiken, Reliefs und Bildern klassischer Proportionen sowie Glasfenstern im Stil der Gotik. An der Decke hängen Votivlampen nach dem Vorbild des in der Mitte des 19. Jahrhunderts aufgefundenen Schatzes von Guarrazar in Toledo. Die Fassade besitzt mittelalterlich anmutende Elemente wie etwa eine dreifache Rundbogentür. Beherrscht wird der Raum von einer Statue der Almudena, der Schutzpatronin Madrids, sowie einer Herz-Jesu-Darstellung und der Figur des heiligen Isidors unter einer Arkade.

Einer der Schätze der Krypta ist die Figur Nuestra Señora de la Flor de Lis, möglicherweise die älteste in der Stadt verehrte Mariendarstellung.