Ziel des Museums ist es, dem Besucher eine globale Vision der Kultur der verschiedenen Völker der Welt zu bieten und die kulturellen Ähnlichkeiten und Unterschiede, die sie vereinen oder trennen, herauszuarbeiten, um die kulturelle Vielfalt hervorzuheben.

Am 29. April 1875 weihte König Alfonso XII. das "Anatomische Museum" ein, obwohl es im Volksmund als Anthropologisches Museum bekannt war. Seine Gründung geht auf die persönliche Initiative des segovianischen Arztes Pedro González Velasco zurück, der seine gesamten Ersparnisse in den Bau des Gebäudes investierte, dessen Architekt der Marquis von Kuba war. Zu dieser Zeit bestanden die Sammlungen aus Objekten, die den drei "Königreichen" der Natur - Mineralien, Pflanzen und Tiere - angehörten, aus Proben der physischen Anthropologie und Teratologie sowie aus Antiquitäten und ethnographischen Objekten, so dass sie als eine typische "Wunderkammer" betrachtet werden konnte. Als er starb, kaufte der Staat das Gebäude und alle seine Sammlungen, die im Laufe der Zeit mit Proben der materiellen Kultur verschiedener Völker aus Afrika, Amerika, Asien, Europa und Ozeanien angereichert wurden.

Im Jahr 2004 nahm das Nationalmuseum für Anthropologie eine Modernisierung seiner Stammausstellung in Angriff - zunächst im Afrika-Saal, 2005 dann im Amerika-Saal und dem Trakt für Körperanthropologie. Die derzeitige Gestaltung entspricht einem neuen Ausstellungskonzept, das den aktuellen wissenschaftlichen, museumspädagogischen und anthropologischen Kriterien besser gerecht wird und den Schwerpunkt auf die Thematik legt. Die Exponate werden dabei in die Bereiche Kleidung und Schmuck, Musik und Freizeitgestaltung, Glaubensvorstellungen, Wohnraum und Hausrat gegliedert, denen eine Einführung und kurze geografische und historische Anmerkungen vorangestellt sind. Die letzte Phase der Umgestaltung wurde im Oktober 2008 mit der Eröffnung des neuen Asien-Saals (Philippinen und Fernöstliche Religionen) im Erdgeschoss des Gebäudes abgeschlossen. 

Das Museum umfasst drei Stockwerke, auf die sich fünf Ausstellungssäle verteilen:

• - Anfänge des Museums: Der Bereich im Erdgeschoss wirft einen Blick auf die Anfänge des Museums. Zu Ehren des Museumsgründers Dr. Pedro González Velasco wurden hier die bis Anfang des 20. Jahrhunderts ausgestellten naturgeschichtlichen Kabinette nachgestaltet. Der Bereich wird demnächst einer eingehenden museographischen Umgestaltung unterzogen.

• - Philippinen-Trakt: Der Bereich im Erdgeschoss zeigt die ethnische, historische und kulturelle Komplexität dieses riesigen tropischen Archipels anhand zahlreicher und vielfältiger Exponate einer heterogenen Reihe von Volksgruppen, die größtenteils aus der 1887 im Madrider Retiro-Park stattfindenden großen Philippinenausstellung stammen.

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• - Bereich Fernöstliche Religionen: Dieser Bereich beherbergt eine Art Synthese aus den asiatischen Sammlungen des Museums. Da aus Platzgründen nicht alle Aspekte der vielfältigen und facettenreichen Kulturen dieses riesigen Kontinents gezeigt werden können, beschloss man, sich auf die drei wichtigsten Glaubensrichtungen - Islam, Buddhismus und Hinduismus - zu konzentrieren.

• - Afrika-Trakt: Der Bereich im ersten Stock zeigt die Vielfalt eines Kontinents, dessen kulturellen Reichtum wir gerade erst zu entdecken beginnen. Unterteilt ist er in die vier Themenbereiche Häusliches Leben, Kleidung, Freizeit und Religion.

• - Amerika-Trakt: Der Bereich im zweiten Stock dreht sich um die Kulturen Nord- und Südamerikas oder des Kontinenten Abya Yala, wie er vom Volk der Guna genannt wird. Dieser Name wird vielerorts der Bezeichnung „Amerika“, einem Wort europäischen Ursprungs, vorgezogen. Die Sammlungen gliedern sich in die fünf Themenschwerpunkte Lebensweise, Häusliches Leben, Kleidung, Freizeit und Religion.

ES WIRD SIE ÜBERRASCHEN

Der Saal III, der der physischen Ntropologie gewidmet ist, versucht, die Naturkundeschränke bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts zu rekonstruieren. Er zeigt einige der wichtigsten Exemplare dieser Sammlungen, und jedes von ihnen repräsentiert seine eigenen Merkmale, anatomische Varietäten innerhalb der Normalität, Pathologien, Traumata, ethnische Unterschiede usw. Wir können den weiblichen deformierten Schädel aus Tiahuanaco (Bolivien) erwähnen. Der weibliche Schädel von der Insel Samar (Philippinen) hat Knochenläsionen, die typisch für die Geschlechtskrankheit Syphilis sind, oder die Totenmaske eines tätowierten Maori.