Conocido popularmente como «Los Jerónimos», fue uno de los conventos más importantes de Madrid. Junto a él existía el llamado Cuarto Real, luego ampliado como Palacio del Buen Retiro en tiempos de Felipe IV. Desde 1925 la iglesia es considerada Monumento Nacional.

Sus orígenes se remontan al año 1464, cuando el rey Enrique IV de Trastámara fundó el Monasterio de Santa María del Paso a orillas del río Manzanares, cerca de El Pardo. Dada la insalubridad de la zona, los monjes solicitaron a los reyes un traslado a otro sitio más saludable. La reina Isabel la Católica les concedió el actual emplazamiento, en 1502, más cercano a la Corte, conocido desde entonces como el Prado de San Jerónimo.

El Monasterio fue un lugar emblemático de la Corte, escenario de las ceremonias de juras de los herederos de la corona de España como príncipes de Asturias, desde Felipe II (1528) hasta Isabel II (1833), así como de varias Cortes Españolas y ordenaciones episcopales.

Del convento subsisten actualmente la iglesia y un claustro, a espaldas del Museo del Prado. La iglesia es de estilo gótico. Se levanta sobre una planta de cruz latina y está compuesta por una nave central, crucero y cinco capillas a cada lado. La monumental escalinata de acceso de la calle Alarcón fue construida para la boda de Alfonso XIII y Victoria Eugenia, en 1906.

Por su parte, el claustro sufrió un progresivo deterioro a lo largo del siglo XIX y, tras un acuerdo con las autoridades eclesiásticas, fue recuperado e incorporado al Museo del Prado como parte de la ampliación diseñada por el arquitecto Rafael Moneo. Por su actual aspecto exterior, el claustro se conoce popularmente como el «Cubo de Moneo».

En 2010 se finalizaron las obras de restauración de todo el conjunto, excepto las escaleras, por el arquitecto Francisco Jurado, que recuperó la imagen anterior del edificio.